В пещере встречаются позвоночные трех групп: рыбы, летучие мыши и грызуны.
Большая часть имеющейся информации получена неспециалистами и поэтому весьма неточна. Она касается животных, обнаружение которых не требует специальных методов. Лишь в 2002 г. Биологи ПГУ и Института экологии и генетики микроорганизмов Н.Н. и Н.В. Паньковы и Е.Ю.Крайнев, обследуя пещеру в целях изучения фауны в пределах экскурсионного маршрута, применили используемые в гидробиологии специальные методики сбора материала, что принесло хорошие результаты. Найденные беспозвоночные относятся к двум типам: Nemathelminthes (Круглые черви) и Arthropoda (Членистоногие).
Остракоды (ракушковые раки)
Широко распространены в морских и пресных водах, насчитывают около двух тысяч видов. Их тело заключено в двустворчатую раковину, имеющую различную форму. Остракоды ведут бентосный образ жизни, роясь в детрите, который служит им пищей. В центральной части озера в гроте Дружбы Народов зарегистрированы 3 особи ракушковых рачков и большое количество створок их раковин (длина 0.4 - 0.6 мм), относящиеся к родам Candona, Cypridopsis, Limnocythere. Очевидно, острокоды попадали в пещерные озера в половодье.- Крангониксы
- Ногохвостки
- Жуки-прицепыши
- Комары-лимонииды
- Комары-звонцы (хирономиды)
- Неидентифицированные насекомые
Встречающиеся в пещере плесени и грибы относятся к трем группам настоящих грибов: гифомицеты, зигомицеты и базидиомицеты.
В Кунгурской Ледяной пещере зеленые растения встречаются только возле прожекторов. В гроте Длинный, В проходе между гротами Метеорный и Коралловый произрастают небольшие популяции мха Pohlia wachlenberi (определение А. Безгодова). По данным Е.П. Дорофеева, в 1980-е годы в озере грота Атлантида у подводного прожектора активно росли зеленые нитчатые водоросли.