В пещере встречаются позвоночные трех групп: рыбы, летучие мыши и грызуны.
Большая часть имеющейся информации получена неспециалистами и поэтому весьма неточна. Она касается животных, обнаружение которых не требует специальных методов. Лишь в 2002 г. Биологи ПГУ и Института экологии и генетики микроорганизмов Н.Н. и Н.В. Паньковы и Е.Ю.Крайнев, обследуя пещеру в целях изучения фауны в пределах экскурсионного маршрута, применили используемые в гидробиологии специальные методики сбора материала, что принесло хорошие результаты. Найденные беспозвоночные относятся к двум типам: Nemathelminthes (Круглые черви) и Arthropoda (Членистоногие).
Встречающиеся в пещере плесени и грибы относятся к трем группам настоящих грибов: гифомицеты, зигомицеты и базидиомицеты.
Гифомицеты
Довольно обычные троглобионты, чье распространение в пещере связано в первую очередь с питательным субстратом (разнообразный мусор, бумага, доски). Иногда в пещере происходят мощные вспышки развития плесеней (описаны Е. П. Дорофеевым). В 1965 г. лаборатория антибиотиков биолого-почвенного факультета МГУ исследовала на содержание плесеней более 100 проб нерастворимого остатка гипса, ангидрита, доломита; глины из осыпей в 10 гротах; воды озер в гротах длинный, Дружбы Народов, Колизей; льда в гроте Бриллиантовый. Согласно этим данным, наиболее многочисленные роды Penicillinum и Aspergillus представлены 10 и 4 видами. Наибольшим видовым разнообразием микромицетов отличается грот Эфирный, в пробах из которого обнаружены 7 видов.Зигомицеты
Представлены в пещере порядком мукоровых, родами Mortierella и Mucor.Базидиомицеты
Плодовые тела базидиальных грибов неоднократно находили вдоль бетонированной тропы и возле устья скважины в гроте Коралловый. По-видимому, их споры случайно попали в пещеру вместе с песком во время строительных работ.Микрофлора
Количество бактерий, обнаруженных в разных отложениях пещеры (на 1 г субстрата), различно: в глине осыпей - 524 экз., в кристаллах атмогенного льда - 245 экз., в покровных льдах - 180 экз., во льдах сталактитов и сталагмитов - 150 экз., в продуктах разрушения гипсов и ангидриитов - 120-100 экз., в воде озер - 105 экз.
В зимнее время количество бактерий в 1 м3 воздуха Кунгурской Ледяной пещеры колебалось от 135 до 1620 экз. Общее количество микроорганизмов в воздухе зимой уменьшается от входа в глубину пещеры примерно на 30%. В летний период микроорганизмы на фильтрах едва обнаруживались. Таким образом, даже в условиях массового туризма воздух в пещере сохраняет высокую степень чистоты.
В Кунгурской Ледяной пещере зеленые растения встречаются только возле прожекторов. В гроте Длинный, В проходе между гротами Метеорный и Коралловый произрастают небольшие популяции мха Pohlia wachlenberi (определение А. Безгодова). По данным Е.П. Дорофеева, в 1980-е годы в озере грота Атлантида у подводного прожектора активно росли зеленые нитчатые водоросли.